Urodził się w Toruniu – tu uczęszczał do szkoły średniej. W latach 1923-1928 studiował w krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych, w pracowni Władysława Jarockiego i Felicjana Kowarskiego.

W 1928 roku współpracował przy wykonaniu polichromii w Zamku Królewskim na Wawelu. W roku 1929 zostaje kierownikiem artystycznym teatru rewiowego GONG – jeszcze w tym samym roku przeniósł się wraz teatrem do Lwowa.

W latach 1930-1933 był członkiem i aktywnym twórcą awangardowego Zrzeszenia Artystów Plastyków „artes”, założonego i działającego we Lwowie w latach 1929–1935; do grupy należeli min. Marek Włodarski, Zygmunt Radnicki, Jerzy Janiach, Ludwik Lille, Tadeusz Wojciechowski, Aleksander Krzywobłocki, Andrzej Pronaszko, Otto Hahn, Ludwik Turowicz. Stefan Wojciechowski brał udział w kilku ważnych wystawach „artesu”, min. w głośnej czwartej wystawie, która odbyła się na początku 1931 roku.

W 1933 roku Artysta powrócił na stałe do Torunia, gdzie włączył się w działalność Konfraterni Artystów. W latach 1949-1962 był adiunktem w Katedrze Malarstwa Sztalugowego, na Wydziale Sztuk Pięknych Uniwersytetu M. Kopernika. Aktywnie uczestniczył w życiu artystycznym Torunia; brał udział w wystawach Grupy Toruńskiej (był jej członkiem), należał do Związku Polskich Artystów Plastyków.